欧洲控制中心欧洲基于 ECDC 基组的碳碳碳碳碳碳碳碳碳碳碳碳碳碳碳碳碳碳碳碳碳碳碳碳碳碳碳碳碳碳碳碳碳碳碳碳碳碳碳碳碳碳碳碳碳碳碳碳碳碳碳碳碳碳碳碳碳碳碳碳碳碳碳碳碳碳碳碳碳碳碳碳碳碳碳碳碳碳碳

技术报告 基于ECDC基因组的碳青霉烯耐药性调查的调查协议鲍曼不动杆菌在欧洲 Version1.3 ECDC技术报告 基于ECDC基因组学的耐碳青霉烯调查协议鲍曼不动杆菌在欧洲 Version1.3 欧洲疾病预防和控制中心（ECDC）的这一方案由抗菌素耐药性和医疗保健相关感染（ARHAI）科和微生物学和分子监测组，监测科协调。 此调查协议附有“ECDC基因组调查的实验室手册”鲍曼不动杆菌inEurope'[1],whichwasdevelopedwiththe'ECDCExpertGroupformicrobiologicalsupporttotheECDCCRAbsurvey'.ThemembersoftheExpertGroup,andtherecruitmentprocessforgroupmembers,areinAnnex1. 贡献作者 安德烈亚斯·霍弗，汤米·卡基，皮特·金罗斯，丹尼尔·棕榈，多米尼克·莫内。 Acknowledgements 本协议咨询的国家专家包括ECDC抗菌素耐药性国家联络点（NFPs），抗菌素耐药性分离株操作联络点（AMRISO）以及附件1中列出的专家。其中包括2023年11月和2024年5月欧洲抗菌素耐药性基因监测网络（EURGe-Net）虚拟网络会议的参与者，以及“ECDCCRAb调查微生物方面的专家组”。 建议引用：欧洲疾病预防和控制中心。ECDC基于基因组学的碳青霉烯类抗性调查调查方案鲍曼不动杆菌在欧洲-1.3版。斯德哥尔摩： ECDC；2024年。 斯德哥尔摩，2024年7月 ISBN978-92-9498-735- 8doi:10.2900/226974 目录号TQ-02-24-701-EN-N ©EuropeanCentreforDiseasePreventionandControl,2024.Reproductionisauthorized,前提是来源得到确认。封面照片由丹麦SSI的FrankHansen和PiaThurøHansen提供。 ii Contents 缩写v 本文档的预期受众1 调查概述1 背景技术2 相关活动和立法2 耐碳青霉烯的流行病学鲍曼不动杆菌在欧盟/欧洲经济区，2019-2022年2 碳青霉烯耐药的关键遗传机制不动杆菌鲍曼不动3 调查目标4 调查欧盟层面的公共卫生目标4 主要目标4 次要目标4 勘察设计5 阶段1.开始国家调查之前：国家调查协调员的行动5 国家参与和协调5 国家指定国家参考/专家实验室5 国家指定“国家调查协调员”5“全国调查协调员”的角色5调查开始和结束日期5 资格和选择标准6 国家标准6 选择医院的标准6 选择临床实验室的标准6 选择患者的标准6 细菌种类和分离株的标准9 案例定义9 调查的隔离选择策略9 简要概述9 国家发病率和预期的调查活动9 如何处理疑似疫情或病例群10 全面监测的医院10 数据收集和报告的国家协调10 调查数据收集工具10 国家数据报告途径10 唯一标识符的首选数据格式10 机构的唯一标识符10 分离株/患者的唯一标识符11 抗菌剂的标识符11 阶段2.调查期间：参与实验室和医院的行动12 隔离采样框架12 完成表格A13的下半部分 第3阶段。调查后：国家调查协调员的行动17 将调查元数据提交给ECDC17 勘察前准备17 元数据结构17 如何向ECDC17提交国家数据数据处理和计划的分析和产出18 数据保护18 计划数据分析18 附件1.咨询专家19 附件2.样本量计算23 附件3.为每个提交的隔离物/患者和医院收集的元数据24 附件5.表格B：患者元数据（每个具有合格隔离的患者的数据收集工具）33 附件6.表格C:医院元数据(每个参与医院的数据收集工具)35 附件7.根据EpiPulse36向TESSy报告附件8材料转让协议模板39 附件9.关于保护个人数据的控制人对控制人协议42 附件10.为全面监测不动杆菌的医院选择合格分离株的决策树物种43 附件11.本文件的以前版本44 参考文献19 数字 图1参与ECDC基于基因组的碳青霉烯耐药性调查的国家工作流程不动杆菌鲍曼不动5 图2.欧盟/欧洲经济区国家、欧盟候选国家和潜在候选国家的NUTS1和NUTS2区域(2021年)8图3.表格A:样本元数据(顶部half) .....................................................................................................................................................................................................13 图4.表单A：样本元数据（下半部分）14 图5.表格B：患者元数据（中间和底部）15 图6.参与实验室选择合格分离品向国家参考/专家报告的决策树实验室43 Tables 表1.针对耐碳青霉烯的欧盟分子或基因组操作的ECDC公共卫生目标 鲍曼不动杆菌，适用于中期（2019-2021年）实施2 表2.有资格参加ECDC耐碳青霉烯鲍曼不动杆菌调查的国家的区域数量，2024–20257 表3.实验室跟踪调查期间获得的合格分离株总数的示例表period12 表4.元数据数据级别和关联，ECDCCRAb调查，2024-202517 表5.参与ECDCCRAb调查的前哨医院对碳青霉烯类耐药和碳青霉烯类敏感鲍曼不动杆菌感染的估计检出率，2024–202523 表6.参与ECDCCRAb调查的哨点医院收集和提交的合格分离株的估计数量，2024–202523 表7.ECDCCRAb调查2024-2025的AMRISO元数据的描述和允许值24 表8.ECDCCRAb调查2024-2025的AMRISODENOM元数据的描述和允许值30 iv 缩写 AST抗菌药物敏感性试验 CCRE耐碳青霉烯和/或粘菌素的肠杆菌科CLSI临床和实验室标准研究所CRAb耐碳青霉烯鲍曼不动杆菌CSAb易感碳青霉烯类鲍曼不动杆菌DALY残疾调整生命年 EUCAST欧洲抗菌药物敏感性测试委员会EuSCAPE欧洲调查产生碳青霉烯酶的肠杆菌科IS插入序列元件（ISAba） MIC最小抑制浓度 NUTS统计地域单位命名法MBL金属-β-内酰胺酶 PCR聚合酶链反应 WGS全基因组测序 本文档的预期受众 预期受众包括那些可能实施或参与ECDC调查以收集耐碳青霉烯的人鲍曼不动杆菌(CRAb)来自急性护理医院的标本和患者元数据，如国家- /国家以下公共卫生机构以及医院和临床实验室工作人员。 调查的简短概述 ECDC认为CRAb是关键的优先病原体，适合作为ECDC欧洲抗菌素耐药基因监测网(EURGe-Net)的“战略导向监测”的“哨点监测或调查”[2,3]。此ECDC调查协议描述了对寻求医院护理的患者实施基于基因组监测的CRAb分离株调查的技术要求。它打算在2024-2025年首次使用。 这项调查的主要公共卫生目标是描述CRAb菌株的发生和地理分布以及CRAb菌株中至关重要的公共卫生重要性的传播抗性/遗传因素，在医院患者中，在区域（NUTS2级），国家和欧洲水平。次要目标旨在使国家活动能够针对以下方面的感染控制干预措施：不动杆菌通过支持各国发展基于基因组的CRAb监测的技术能力和熟练程度，并在细菌克隆和亚基因组水平上确定CRAb感染的流行病学因素。 ECDCCRAb调查2024-2025旨在从CRAb感染发生率较低的国家的大多数或所有进口CRAb中收集标本，并在发病率较高的国家收集循环CRAb的系统样本。在欧洲，发病率较高的国家A.鲍曼尼感染也通常确定高比例与抗性[4,5]。相反,国家通知低数量的分离来自侵入性A.鲍曼尼这些国家的报告认为跨境患者转移是少数已通知的CRAb分离株中常见的危险因素[6]。 根据调查设计，每个参与国应寻求从每个NUTS2地区（一般为0.8-300万人口）招募一家急性护理医院，作为该地区的哨点。请注意，这是一个指南，并不严格，并且可能存在无法在每个NUTS2地区招募一家急性护理医院的情况。理想情况下，招募的医院应覆盖尽可能多的全国人口。 在2024年10月至2025年6月的6个月调查期间，有临床实验室的参与医院应收集10个连续的，非重复的A.鲍曼尼分离，和相关的元数据，从10名患者。最初，实验室应该收集前10A.鲍曼尼在调查期间的分离株，无论它们是来自定植还是感染。随后，如果其中少于10个来自CRAb感染的患者，则通过替换10个分离株中的其他分离株，它们应包括来自新发现的CRAb感染病例的分离株。符合替代条件的第一批分离株是碳青霉烯敏感的分离株A.鲍曼尼（CSAb）定植，然后是CSAb感染的分离株，然后是CRAb定植。这应该持续到有10个来自CRAb感染的储存分离株，或者调查期结束，以先者为准。 如果发送实验室未使用欧洲抗菌药物敏感性测试委员会（EUCAST）推荐的方法，则要求国家参考/专家实验室确认收集的分离株的耐药表型 ，并准备细菌样品以运送到ECDC承包商以验证样品质量，以便最终进行全基因组测序（WGS）。承包商将为发送实验室和ECDC生成原始文件（FASTQ），以实现主要和次要调查目标。 要求国家指定的“国家调查协调员”（ECDC抗菌素耐药性分离株运营联络点（AMRISO））在全国范围内协调调查，包括整理每个提交的分离株和患者级别的元数据，以及每个参与医院的医院级别的元数据，随后将其提交ECDC（至“EpiPlse病例”）。 本调查设计基于欧洲对产碳青霉烯酶肠杆菌科（ESCAPE）项目（2013-2015）的调查[7]。ESCAPE项目证明了进行综合流行病学和微生物哨点多中心调查的可行性，这些调查为欧盟一级的分析提供了可比较的质量评估数据。该设计还用于2019年对碳青霉烯和/或粘菌素耐药肠杆菌科（CCRE）的ECDC调查，重点是。大肠杆菌and肺炎克雷伯菌[8].实际上，本协议中针对ECDCCRAb调查（“AMRISO”；附件3）指定的元数据是对2019年ECDCCCRE调查（“AMRISO”）中患者元数据的次要更新[9]。它们保持相互兼容。然而，在2024-2025年的ECDCCRAb调查中，与ESCAPE项目和CCRE调查不同，从CRAb患者到ECDC的国家元数据报告被设想为遵循将国家监测数据报告到ECDC数据库“EpiPlse病例”（以前为“TESSy”）的标准流程[10]。在此过程中，由ECDC协调主管机构指定的联络点。1对于抗菌素耐药分离株(AMRISO)，上传并批准国家数据。 1流行病学、微生物学、生物信息学、IT/数据管理器的运营联系点(OCP)。有关更多信息,请参阅https://www.ecdc.europa.eu/en/about-ecdc/who-we-are/governance/competent-bodies 背景 抗菌素耐药病原体的基因组水平调查与流行病学数据相结合，可以支持有针对性的控制措施的产生。它们一起提供了足够的分析分辨率来描述传播链和“人，地点和时间”的耐药基因分布[4]。 相关活动和立法 CRAb是2017年世卫组织全球优先病原体清单中被视为“关键优先事项”的三种“抗微生物耐药优先病原体”之一[11]。ECDC认为CRAb是关键的优先病原体，适合作为ECDC欧洲抗菌素耐药性基因监测网络（EURGe-Net；表1；[2,3]）的“战略导向监测”。它也是欧盟委员会项目“EURGe-RefLabCap”的关键病原体，该项目旨在加强欧洲国家国家参考实验室的基因型和表型表征能力，对选定病原体进行监测和暴发调查[12]。 （欧洲）委员会执行决定（EU）2018/945包含案例定义，以报告耐碳青霉烯和敏感的数据不动杆菌spp.菌株，用于流行病学监测[13] 。ECDC与欧盟成员国之间与第三国密切合作的流行病学监测