执行摘要
肺炎链球菌感染是欧洲的主要公共卫生问题,监测需要对血清型进行可靠的鉴定、抗生素耐药性检测,以及基因组特征分析。本次EQA活动评估了欧盟/欧洲经济区实验室在非培养和培养环境下对肺炎链球菌的检测和鉴定能力,包含一个共享的非培养样本面板和一个可选的肺炎链球菌培养样本面板。共有来自24个国家的34个实验室参与,其中32个实验室提交了非培养样本检测结果,23个实验室提交了培养分离物结果。
总体而言,基于培养的物种鉴定表现良好,P1和P2样本的正确鉴定率均为100.0%。基于培养的血清分型也表现出较高水平:P1样本(23F型)的正确分型率为82.6%,P2样本(14型)的正确分型率为91.3%。抗生素敏感性试验(AST)的吸收率高,P1样本的MIC测试结果提交率为91.3%,P2样本为87.0%。全基因组测序(WGS)由47.8%的实验室进行报告,序列型报告完整度为100.0%,LINcode报告率为72.7%。
非培养物种检测在肺炎链球菌非培养样本中同样表现出高准确率,NC3和NC5样本的正确病原体鉴定率为90.3%。非培养材料中的血清型报告完整性较低,NC3和NC5样本的正确血清型分配率分别为22.6%和19.4%。
结果
- 参与和实验室方法:共有来自24个国家的34个欧盟/欧洲经济区实验室参与。实验室报告的肺炎球菌检测和血清分型常规方法存在差异,非培养分子检测主要使用lytA和其他分子靶标,培养鉴定主要使用分子方法、MALDI-TOF和表型方法,血清分型依赖表型和分子方法,AST方法存在异质性,EUCAST是主要的解释标准,WGS由47.8%的实验室进行报告。
- 对非文化样本的性能:NC3和NC5样本的正确病原体鉴定率为90.3%。血清型报告完整性较低,NC3和NC5样本的正确血清型分配率分别为22.6%和19.4%。
- 对培养分离株的性能:P1和P2样本的正确物种鉴定率均为100.0%。P1样本的正确血清型分型率为82.6%,P2样本为91.3%。
- 抗菌药物敏感性试验:AST吸收率高,P1和P2样本的MIC测试结果提交率分别为91.3%和87.0%。青霉素钠的最低抑菌浓度一致性最高,头孢曲松的一致性也较高。
- 全基因组测序的采用及报告产出:WGS由47.8%的实验室进行报告,序列型报告完整度为100.0%,LINcode报告率为72.7%。
讨论
- 基于培养的物种鉴定和血清分型表现强劲,非培养病原体检测率高,但非培养分型报告的完整性要低得多。
- 基于培养的物种鉴定在整个网络中是稳健的,而全面和协调的血清型报告仍然更具挑战性,特别是来自非培养材料时。
- 非培养物种检测可以表现良好,但非培养血清分型仍然更多地依赖于本地检测方法的可用性、血清型覆盖范围、报告算法和实验室实践。
- 方法学调查凸显了常规肺炎链球菌工作流程中的异质性,对监测产出的可比性有影响。
- 肺炎链球菌血清分型的复杂性也应予以考虑,同一血清群内关系密切的血清型可能难以通过某些分子方法区分。
- AST参与度高,提供了有用的比较信息,但未分配预定义的参考MIC值,解释仅限于模态MIC和一倍稀释范围内的完全一致性。
- WGS的采用程度适中,序列类型报告完整,而LINcode报告则不够完整,网络内常规报告的肺炎链球菌基因组输出结果尚未完全协调统一。
结论
参与IBDLabNet的欧盟/欧洲经济区实验室在基于分离物的物种鉴定方面能力很强,在基于培养的血清分型方面通常能力良好。主要剩余差距涉及非培养材料的血清型报告的完整性和协调性。
建议
- 优先改进非文化型肺炎链球菌血清分型。
- 在未来的等效性评估回合中收集更多结构化的方法论信息。
- 加强肺炎链球菌血清型报告的协调。
- 保持标准化的AST报告。
- 进一步协调基于WGS的报告。
- 提高未来肺炎球菌分型方案的学术价值。
- 使用EQA结果进行有针对性的反馈和培训计划制定。