基于NGS的肿瘤全景变异检测探针设计专家共识(2026版)

基于NGS的肿瘤全景变异检测探针设计专家共识（2026版）

一、目标基因和区域的选择

1. 目标基因的选择： 主要依据检测产品的临床预期用途、基因的临床价值以及证据等级。推荐纳入具有明确临床意义（Ⅰ类）和潜在临床意义（Ⅱ类）的基因，以及临床意义未明但具有探索价值（Ⅲ类）的基因。
2. 目标区域的选择： 需根据基因变异类型、基因组指标以及生信质控指标的性能要求进行差异化设计。例如，原癌基因推荐锁定功能结构域及热点突变区域，抑癌基因推荐覆盖完整编码区，CNV变异推荐目标区域为全编码区或至少满足生物信息学算法要求的最小外显子覆盖，融合基因检测聚焦于已知断点富集区域，性别鉴定模块采用染色体特异性覆盖策略。
3. 基因组合的方式： 推荐根据临床预期用途、肿瘤来源的不同系统或特定的治疗方式关联不同的恶性肿瘤人群进行基因组合，可进行多癌或泛癌基因检测。

二、探针/探针池的设计及性能评估

1. 探针的设计和筛选： 需考虑目标区域的序列多样性、探针的GC含量、熔解温度Tm、交叉杂交及探针长度等因素，筛选出能富集目标区域的最优探针组合。推荐采用叠瓦式探针设计策略，确保检测的灵敏度。
2. 探针池的质量控制及性能评估： 探针池出厂前需进行严格的质检、定量和分装，并储存于-80℃条件下。性能评估内容包括测序数据质控（捕获效率、均一性、GC含量/偏好、基因组比对率等）、单条探针/单个位点的检测性能（深度系数）以及产品维度的基因变异和/或基因组指标的检测能力（LoD和准确度）。

三、探针变更

探针变更主要涉及三种情形：变更探针合成供应商、部分探针浓度调整或部分区域探针加密、探针序列修改、删减和增加。变更后需进行充分的性能评估，确保新探针池性能满足临床检测要求，并详细记录探针版本号及检测产品更新迭代特征。涉及伴随诊断用途的检测产品变更，还需提交NMPA补充申请并履行注册变更程序。

四、总结

本共识建立了基于NGS技术的肿瘤CGP检测产品探针设计全流程质量管理体系，聚焦三大核心维度：临床价值相关性驱动的靶区筛选机制、探针设计及性能评估、探针变更管理。通过探针设计标准化、多层级性能验证体系的构建及探针动态变更管理，填补了肿瘤NGS探针设计技术标准空白，为国家药品监督管理局对肿瘤NGS实验室自建方法的合规性审查提供科学依据，推动肿瘤基因检测从“临床可用”向“临床可信”转变。