医药行业税务合规报告（2025）

huashui.com 医药行业税务合规报告（2025） 前言 huashui.com 医药行业税务风险与商业贿赂问题息息相关，呈现出虚开与商业贿赂并存的特点，具有明显的行业特征。2024年，国家卫健委、药监局、市监局等多部门研究出台预防和打击医药行业商业贿赂问题的政策文件，持续查处医药行业“带金销售”等违法违规行为，十四部委联合继续纠正医药购销不正之风，证交所和证监会重点关注上市药企销售费用占比的合理性和发票的合规性。随着国家对医药行业商业贿赂问题整治力度不断升级，税务部门对医药企业涉税违法行为力度也持续加码，2024年爆发了多起医药企业虚开大案、偷逃税要案，引发医药企业补缴增值税税款、缴纳滞纳金、纳税调整和罚款等一系列税务风险，部分企业还被追究虚开犯罪的刑事责任。医药企业事前如何做好税务合规，防范潜在的涉税风险，事后如何有效举证和抗辩，应对已爆发的涉税风险，成为医药行业亟需关注和解决的问题。 华税团队基于对医药行业的深入观察，编写了本《医药行业税务合规报告 （2025）》。此报告通过观察2024年医药行业发展概况及税收监管动态，聚焦 2024年医药行业涉税刑事、行政案件并总结2024年医药行业涉税风险的表现形 式，解析2024年医药行业虚开风险的成因，并在前述的基础上提出化解与应对涉税风险的建议，确保建议的精准性、针对性、实效性，以期为医药行业的税务合规建设与发展提供有益的启示与参考。 本报告共分八节，全文约二万三千余字。 目录 一、2024年医药行业发展概况 二、2024年医药行业税收监管动态三、2024年医药行业涉税案件观察 四、2024年医药行业涉税风险的六大表现形式五、医药行业虚开风险的成因分析 huashui.com 六、医药行业涉税刑事风险的应对与化解七、医药行业涉税行政风险的应对与化解八、2025年医药行业税务合规的建议 一、2024年医药行业发展概况 （一）疫情后制药企业业绩呈现下降趋势，现已趋于平稳 根据国家统计局数据，全国规模以上制药企业2020年1月-11月营业收入处于近五年最低水平，2021年1月-11月营业收入和利润总额达到了顶峰，而后呈现下降趋势，现已趋于平稳。具体来说： huashui.com 从营业收入的数据来看，2021年较2020年上升18.59%；2022年较2021年下降0.73%；2023年较2022年下降13.09%；2024年较2023年上升0.53%；从利润总额的数据来看，2021年较2020年上升71.78%；2022年较2021年下降28.15%；2023年较2022年下降19.39%；2024年较2023年下降2.52%。这与行业的宏观环境变化密不可分。2020年受疫情影响，制药企业物流成本上升，导致营业收入和利润总额的表现不佳；2021年全国对疫苗、药品等需求的激增，使得制药企业迎来高速发展，营业收入和利润总额均创下近五年新高。2022年至2024年期间，国家先后发布《关于做好国家组织药品集中带量采购协议期满后接续工作的通知》《药品上市许可持有人委托生产监督管理工作》《药品标准管理办法》等文件，强化药品监管力度，同时持续打击医药行业商业贿赂，导致制药企业营业收入和利润总额呈现大幅下降趋势，尤其2023年7月，全国开展医药领域腐败问题集中整治工作，2023年营业收入和利润总额下降的幅度较大，至2024年趋于平稳。 （二）国家多部门发布医药行业政策文件，重点打击商业贿赂问题 1.十四部委联合继续纠正医药购销领域不正之风 huashui.com 2024年5月27日，卫健委、国家税务总局等十四部委联合印发了《2024年纠正医药购销领域和医疗服务中不正之风工作要点》的通知。“纠正医药购销领域和医疗服务中不正之风”是卫健委联合税务、公安、审计、市场监管等多部门长期共同开展的专项整治活动，旨在深入协同推进医药购销领域制度建设。《工作要点》指出，加大医药购销领域商业贿赂治理力度，聚焦虚开发票、虚假交易、虚设活动等形式违规套取资金用于实施不法行为，保持打击高压态势。严查假借各类会议、捐赠资助、科研合作、试验推广等形式捆绑销售、“带金销售”中的违法违规行为。进一步完善公立医疗机构药品采购“两票制”政策，规范药品流通秩序，加大监管和打击力度。 2.国务院办公厅印发《深化医药卫生体制改革2024年重点工作任务》，强调扎实做好医药领域腐败问题整治工作 2024年6月6日，国务院办公厅印发《深化医药卫生体制改革2024年重点工作任务》。文件聚焦促进医保医疗医药协同发展和治理，推动卫生健康事业高质量发展，让人民群众有更多获得感、幸福感、安全感三个重点，明确未来一段时期内七个方面的工作任务。其中，文件强调要扎实做好全国医药领域腐败问题整治工作，要求研究出台医药企业防范商业贿赂合规指引。此文件的出台，将进一步引导医药企业加强商业贿赂合规管理。 huashui.com 3.国家市监局发布《医药企业防范商业贿赂风险合规指引（征求意见稿）》 2024年10月11日，为贯彻落实党中央、国务院决策部署，预防和遏制医药领域商业贿赂行为，市场监管总局发布了《医药企业防范商业贿赂风险合规指引（征求意见稿）》，该意见稿汇总梳理医药营销中的商业贿赂风险点，细化明 确合规经营和风险防范事项，将进一步推进医药领域商业贿赂治理形成长效机制。其中，第三章第四节规定了“外包服务商业贿赂风险”，为医药企业选聘第三方提供服务列明了风险识别与防范的要点，对未来医药企业委托CSO做推广服务提供了具体、明晰、可参考的指引，有助于规避因CSO通过虚开发票套取资金进行商业贿赂进而牵连至医药企业的风险。 4.国家药监局发布的《医药代表管理办法（征求意见稿）》删除了外包型药品学术推广医药代表团队模式，制药企业商业贿赂风险增加 huashui.com 2024年11月28日，国家药品监督管理局综合司公开征求《医药代表管理办法（征求意见稿）》意见，旨在规范医药代表从业行为，有序合规开展药品学术推广活动。其中，第9条规定，药品上市许可人开展药品学术推广活动的，应当聘用医药代表。删除了过去药品上市许可人可以选择以“授权书”授权医药代表开展药品学术推广工作的模式，要求药品上市许可人必须直接与此类医药代表签订劳动合同。一旦该办法落地，外包型的药品学术推广医药代表团队将难以存在，对完全依赖于合同销售组织（以下简称“CSO”）做药品学术推广服务的制药企业产生较大影响。具体来说，过去，制药企业可以将药品学术推广医药代表团队外包给CSO，如果医药代表没有做真实合规的药品学术推广，而是与CSO串通实施了商业贿赂，这难以说明是制药企业授意医药代表与CSO实施的，很难直接追究制药企业商业贿赂的责任。但在该办法实施后，因此类医药代表直接受雇于制药企业，如果此类医药代表实施商业贿赂，制药企业被追究责任的风险将大大增加。 5.国家医保局发布《关于对个别药企虚开发票制造“两套价格”问题进行关注的函》 huashui.com 2024年12月20日，国家医疗保障局发布《关于对个别药企虚开发票制造“两套价格”问题进行关注的函》，要求各省（自治区、直辖市）医保局排查药品是否存在两套价格，相关企业是否存在“带金销售”违法违规行为。要根据案件查实的虚开发票、行贿等违法行为，严格执行医药价格和招采信用评价制度，给予相关企业失信评级和相应处置措施。此文件的发布将促使各地医保局加大对药品挂网价格检查力度，准确识别带金销售行为，在各部门信息互通、数据共享的背景下，可以预见税务部门也将更加有效抓取虚开发票信息，并强化对医药企业虚开发票违法行为的查处。 （三）医药反腐案件取得重大成果，大量医院领导干部、药企高管被查 自2023年全国医药领域腐败问题集中整治工作开展以来，反腐风暴仍在席 卷医药领域。2024年12月22日，国家监察委员会向十四届全国人大常委会第十三次会议作了《关于整治群众身边不正之风和腐败问题工作情况的报告》。 报告显示，国家监委深入整顿医药领域乱象，推动解决“看病难”“看病贵”等问题。医药领域腐败加重群众负担，损害医患关系，恶化行业风气，广为社会诟病。国家监委调度各级监察机关配合有关部门重拳出击，严查靠医吃医、套取医保资金等腐败问题，狠刹吃回扣、收红包等行业歪风。全国共立案5.2万人， 处分4万人，移送检察机关2634人。其中，留置处级以上干部675人。据不完 全统计，今年以来，全国至少有180名医院院长、书记被查。 huashui.com 可见，去年医药行业反腐力度不仅没有减弱，反而仍在持续发力。在此背景下，商业贿赂风险也逐渐由医疗机构端传导至医药企业，据不完全统计，今年以来，至少有14名医药企业高管被查。医院院长、书记与医药企业高管一起查处，反映了国家全链条重拳打击医药领域腐败问题的决心，可以预见，此种态势在一定时期内不会发生改变。 （四）证监会、证交所持续关注上市医药企业的销售费用及发票问题 2024年，医药企业的销售费用与发票问题仍是证监会、证券交易所关注的重点。一方面，从今年证券监管机构对已经成功上市或挂牌的医药企业的问询情况来看，销售费用高的原因、推广服务费各类发票是否合规、推广活动是否合规是主要被问询的内容，如上交所要求南新制药说明CSO为其提供学术推广的具体内容，学术推广费及其发票、原始凭证等外部依据是否充分有效，相关成本费用是否具有真实交易背景和商业实质。另一方面，从今年证券监管机构对在审的医药企业问询情况来看，销售费用是否具有真实性、合理性，推广服务活动是否合法合规是主要被问询的内容。如北交所要求珈创生物说明销售费用的真实合理性。 二、2024年医药行业税收监管动态 （一）公安部强调针对性打击医药虚开犯罪活动 huashui.com 2024年3月18日，最高人民法院联合最高人民检察院、公安部、国家税务总局共同举行新闻发布会，发布了《关于办理危害税收征管刑事案件适用法律若干问题的解释》（法释〔2024〕4号，以下简称“两高涉税司法解释”）。公安部经济犯罪侦查局副局长在答记者问环节指出，近年来，公安机关坚决落实中央有关医疗行业整治、粮食领域反腐等系列部署，对医药销售、粮食购销领域虚开犯罪活动开展针对性打击，在全国范围发起95起集群战役，有力斩断了以发票为工具的利益链条，有效策应了中央相关专项工作的开展。此次出台的两高涉税司法解释有效切实解决了涉税犯罪案件侦办工作中遇到的突出问题，为打击涉税犯罪提供了新助力。下一步，公安机关将以此次司法解释出台为契机，进一步加大打击力度，坚持实战实用实效导向，建立完善“专业+机制+大数据”新型警务运行模式，不断提升公安机关新质战斗力，以更高水平安全服务保障高质量发展。可以预见，未来公安机关还将持续针对性打击医药领域虚开违法犯罪活动。 （二）各地税务机关相继开展对医药企业的重点稽查 2024年，各地税务机关相继发布“双随机、一公开”随机抽查名单，多家医药企业被列入稽查名单中，其中不乏国内知名的上市医药企业、国资委控股的医药企业。 1.江西省税务局：涉及两家知名医药企业 2024年5月23日，江西省税务局公布省局重点稽查对象随机抽查企业名单，涉及华润博雅生物制药、江西施美药业两家知名医药企业。 huashui.com 2.福州市税务局：多家国资委控股的医药企业名列在内 2024年10月31日，福州市税务局公布2024年度市级第三批重点稽查对象 随机抽查对象名单，涉及近30家医药企业。其中包括国资委控股的医药企业，如福建国药药材、福州常春药业、福州同春中药等。 3.宜春市税务局：近40家医药企业名列在内 huashui.com 2024年11月5日，宜春市税务局公布了2024年度（一至四批）“双随机、一公开”随机抽查名单。宜春市税务局以“信用+风险”为基础的双随机监管模式，在四批随机抽查的201家企业中，共抽取了近40家医药企业，涉及江西博腾药业、江西仁和中方医药、江西和力药业、江西明安医药等。 （三）多家上市医药企业发布自查补税公告 2024年以来，