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扩大全球流感监测和应对系统的呼吸道合胞病毒测序考虑

2025-06-13 世界卫生组织 LLLL

核心观点与目标

该研报旨在为全球流感监测与响应系统（GISRS）扩容后的呼吸道合胞病毒（RSV）测序工作提供指导。随着针对RSV的新药（如单克隆抗体、疫苗和抗病毒药物）的研发进展，持续监测RSV病毒株对于评估诊断方法和干预措施的有效性至关重要。建立广泛的RSV测序多样性基础，有助于开发新的诊断和治疗方法，评估免疫接种计划的有效性，并更好地理解病毒的多样性和进化。

目标与行动

目标：

了解当前全球RSV的基因组多样性。
了解RSV谱系的全球传播情况。
支持和加强分子诊断的应用。
为被动免疫、疫苗接种和抗病毒药物等干预措施的开发和引入提供信息。

行动：

提供RSV样本采集、诊断测试、基因组测序和报告的标准，以确保高质量的测序数据。
改善对RSV测序数据生成、分析和解释工具的获取。
推动RSV测序数据的及时共享。
加强参与实验室的能力建设，并确保综合呼吸道病毒监测的可持续性。
采用和改造现有的测序技术，以最大限度地利用现有的实验室基础设施，并将其应用于其他新兴的病原体。

样本选择与处理

样本选择：

样本应基于国家现有的监测系统标准，并符合WHO基于流感平台的全球呼吸道合胞病毒监测策略。
优先选择2岁以下儿童（尤其是6个月以下的婴儿）的样本，因为他们在RSV感染中风险最高。
样本应代表主要干预目标人群（如0-6个月、7-23个月、≥60岁）、不同地理位置、不同时间点（早、中、晚季节和季节外）、不同疾病严重程度（从轻微的社区病例到住院病例）以及临床重要病例（如死亡病例和免疫突破病例）。

样本量：

建议每个国家每年测序至少46个RSV阳性样本，并根据RSV-A和RSV-B的相对流行率选择样本比例。
全球范围内，如果25个国家每年测序至少46个样本，可以更准确地估计流行株的流行率，并检测流行率低至0.27%的谱系。

样本采集、储存、运输和处理：

推荐的样本类型包括鼻咽抽吸物、鼻拭子、咽拭子、鼻咽拭子、鼻咽/咽组合拭子和鼻咽抽吸物。
样本应储存在2-8°C，并在72小时内提取RNA。如果RNA不能在72小时内提取，则应冷冻保存。
所有临床样本均被视为潜在的传染性，必须采取适当的培训和防护措施。

RSV检测

金标准：实时逆转录聚合酶链反应（rRT-PCR），具有高度敏感性和特异性。
亚型检测：rRT-PCR可以用于区分RSV-A和RSV-B，从而快速识别流行的RSV亚型。
质量控制：参与外部质量评估（EQA）计划，并使用已表征的阳性和阴性对照。

RSV测序

方法：

推荐使用全基因组测序（WGS）方法，因为它可以提供比单个基因（如F和G基因）测序更多的信息。
常用的测序方法包括Illumina和牛津纳米孔技术（ONT）。
建议的Illumina设置包括多批次测序（≥48个样本/运行）和自动化文库制备。
ONT平台提供简化的实验室流程，可以一次性多路复用多达96个样本。

生物信息学分析：

常用的软件工具包括用于质量控制（fastp、FastQC、NanoQC）、去除低质量读数（Trimmomatic、fastp）、去除接头和引物序列（iVar、Cutadapt）、变异检测（SAMtools、Genome Analysis Toolkit、Picard）、共识序列生成（MIRA）等。
常用的分析工具包括用于系统发育分析（MUSCLE、MAFFT、ClustalW、PhyML、RAxML、IQ-TREE）、分子钟和系统地理学分析（BEAST、BEAST2）等。
常用的可视化工具包括FigTree、iToL、MEGA和Nextstrain。