粮农组织-世界卫生组织微生物风险评估联合专家会议关于在微生物风险评估中使用基于组学的技术

概述

2026年3月2日至6日，联合国粮农组织（FAO）和世界卫生组织（WHO）在意大利罗马召开了一场专家会议，评估组学技术在微生物风险评估（MRA）中的应用。会议旨在评估当前MRA指南是否可以更新以纳入组学技术的应用，并具体讨论了以下内容：

1. 组学技术的概述及其在微生物食品安全中的应用
   组学技术（包括基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学等）能够系统水平上详细表征微生物的种属、亲缘关系、功能潜力和活性。这些技术比传统分类方法（如物种、血清型、噬菌体型等）具有更高的区分能力。

2. 组学技术在MRA中的应用

   • 危害识别：基因组学通过提供高分辨率基因型特征，增强了对致病微生物的识别，但需结合流行病学和溯源证据进行综合分析。
   • 危害表征：组学技术可揭示病原体亚群在毒力和疾病严重程度上的差异，支持从物种水平向亚群和宿主特异性危害表征模型的转变。
   • 暴露评估：基因组监测可确定特定食品中病原体亚群的分布情况，并通过组学标记（如生长能力、环境适应性、耐热性等）进行亚群特异性建模。
   • 风险表征：组学数据可用于定义基于毒力或生态适应性的病原体亚群，进而估算亚群特异性风险，但需结合亚群流行率、环境适应性特征和毒力参数进行综合评估。

3. 组学技术对微生物风险管理的影响

   • 组学数据可优化风险概况和目标陈述，通过溯源、暴发调查和监测提供更精确的输入。
   • 基于组学的分类可减少风险估计的不确定性，并指导针对性干预策略，提高风险管理效率。

4. 实践考虑

   • 组学数据需标准化（包括采样、生物信息学流程、元数据质量等），并结合表型、实验和流行病学证据进行解读。
   • 挑战包括实验室和计算基础设施的缺乏、资金限制以及专业人才不足，需通过能力建设提升应用水平。
   • 部分组学亚群可通过非组学方法检测，无需常规使用组学技术。
   • 数据需遵循FAIR原则（可发现、可访问、可互操作、可重用），并建立数据共享和治理框架。
   • 风险沟通需传递更详细的亚群信息，但可能增加利益相关者间的沟通复杂性。

5. 展望
   未来技术进步（如无培养方法、人工智能分析工具）将进一步推动组学技术在MRA中的应用。新变异株的出现、耐药性（AMR）的全球传播以及“一健康”理念均需组学技术支持持续更新和监测。

6. 结论
   组学技术通过高分辨率微生物表征，提升了MRA的准确性，但需与传统方法结合，并谨慎解读组学标记的基因型-表型关系和证据水平。会议建议修订《食品微生物风险评估准则》（CXG 30-1999）和《食品微生物风险管理准则》（CXG 63-2007），以纳入组学技术的应用，并强调跨学科团队（包括生物信息学家）在风险调查中的重要性。