2018年度全国城市水源地水质总体达标率较高，达到91.79%。其中，地级及以上水源地达标率为90.89%，县级水源地达标率为92.20%，县级略好于地级。然而，水源水质最差的倒数14个城市均在北方，且这些城市均位于秦岭-淮河以北。北方城市的水源以地下水为主，南方以地表水水源为主，2018地表水水源地全年达标率高达94.45%，地下水水源地仅为85.99%，地下水水源水质明显逊色于地表水水源，导致以地下水水源地为主的城市的得分低于地表水水源为主的城市。全国水源地水质超标项目共有31个，地表水水源地超标次数最高的项目是总磷、硫酸盐、总氮，地下水水源地是锰、铁、总硬度。全国水源地水质监测报告以下12种毒理指标超标，分布于35城市，涉及69个水源地。出现频率最高的是毒理指标是锑（地表水）和氟化物（地下水）。
