肠粘膜解离方案影响细胞类型比例和单细胞基因表达水平

该研究开发了一步解离方案，用于处理冷冻保存的肠粘膜活检样本，以克服scRNA-seq研究中的后勤挑战和批次效应。一步胶原酶消化和冷活性地衣芽孢杆菌蛋白酶消化方案进行了比较，结果显示一步法和两步法胶原酶解离的细胞活力和细胞类型组成相当，前者更省时。冷蛋白酶消化方案更好地保留了上皮细胞类型，但需要更大的总活检细胞数作为输入材料。多步骤方案对跨越多个隔间的细胞类型产生不同的影响。冷冻保存的肠粘膜活检可用于大规模scRNA-seq、FACS、类器官生成和上皮内淋巴细胞扩增。这项研究为大规模scRNA-seq研究提供了新的解决方案。