从分子动力学模拟的轨迹中提取与小角度 X 射线散射剖面匹配的时间序列

该研究提出了一种基于小角X射线散射和分子动力学模拟的方法，用于解决柔性生物分子的结构集合问题。该方法通过剪辑匹配的时间序列来自模拟轨迹的SAXS轮廓，成功地从多域蛋白质ER-60的粗粒度分子动力学模拟轨迹中提取了超过1微秒的时间序列。每个提取的时间序列都可以成为ER-60真实行为的一个元素，虽然该方法没有为生物分子的结构集合提供独特的解决方案，但其低计算成本将通过整合SAXS、模拟和其他实验在识别生物分子动力学方面发挥关键作用。